Nel programmare l’azione educativa, i suoi tempi e le sue modalità, è opportuno considerare prima la storia del Seminario minore di Padova e il significato che esso è venuto assumendo nella pastorale vocazionale della nostra chiesa locale.

1. Nella lettera per la giornata del seminario del 1998, il vescovo Antonio Mattiazzo scriveva così:
“la pastores dabo vobis propone probanti motivazioni per affermare la validità del Seminario Minore. La vocazione sacerdotale infatti” – rileva il papa – “ha il suo primo momento di manifestazione spesso negli anni della preadolescenza e nei primissimi anni della gioventù” ed è, pertanto, doveroso che la Chiesa accolga questi “germi di vocazione seminati nei cuori dei fanciulli, curandone, attraverso l’istituzione dei seminari minori, un premuroso benché iniziale discernimento” (n° 63).
Ispirati da queste superiori motivazioni, non teniamo in vita il Seminario Minore, con tutto l’impegno che comporta in termini di persone e di denaro, solo perché l’abbiamo costruito con tanti sacrifici ed ereditato, bensì perché è una scelta che la Chiesa di Padova ha rinnovato dopo un’approfondita e anche sofferta verifica operata dagli organismi di partecipazione”.
Nelle parole autorevoli del papa e del vescovo Antonio erano indicate con chiarezza alcune linee fondamentali: la riflessione operata in diocesi, in particolare nel momento del cambiamento della sede da Tencarola a Rubano (settembre 2002); il riconoscimento del valore del Seminario Minore nel nostro contesto ecclesiale; la cura dei germi di vocazione seminati nei cuori dei ragazzi e un iniziale discernimento vocazionale, quale particolare scopo del Seminario Minore.

2. Seguendo un’altra indicazione della pastores dabo vobis, il Seminario Minore diventò, nella nostra diocesi, anche un segno e un punto di riferimento per la pastorale vocazionale della preadolescenza e dell’adolescenza. Le attività di accoglienza e formazione proposte dal seminario ebbero lo scopo di promuovere una cultura vocazionale nei ragazzi e nelle famiglie, incontrare e accompagnare i ragazzi più sensibili e attenti alla ricerca della vocazione, sostenere quelli che erano costretti, per diversi motivi, a procrastinare l’ingresso in seminario.

3. Dal 1670, anno nel quale san Gregorio Barbarigo inaugurava il seminario, fino al 1922 tutti i seminaristi, dai più piccoli ai più grandi, erano alunni di un unico istituto. Il 5 novembre 1922 veniva inaugurato il Seminario Minore nella località “Barcon” del Comune di Sarcedo, presso Thiene, per gli alunni delle cinque classi ginnasiali (corrispondenti alle tre medie e al biennio ginnasiale di oggi). Nel vecchio Seminario di Padova, che divenne il “maggiore”, restarono le tre classi del liceo e la teologia. 
Nel 1954 le ultime due classi del Seminario Minore, cioè la IV e la V ginnasio, vennero trasferite in quello che era  il Collegio Vescovile di Thiene e si ebbero così tre seminari: il Seminario Minore per le medie al “Barcon”, il Seminario Minore per il ginnasio e il Seminario Maggiore per il liceo e la teologia.
Il 5 ottobre 1970 si apriva il nuovo Seminario Minore per le medie e il ginnasio a Tencarola. Anche il liceo, a mano a mano che gli alunni vi passavano dal ginnasio, fu accolto nello stesso seminario. Dal 1974 il maggiore si ridusse alle sole classi di teologia. 
Negli anni di Tencarola,  il Seminario Minore conobbe un profondo processo di riforma e aggiornamento, secondo le indicazioni del concilio. In particolare si avviò una collaborazione sempre più stretta con le famiglie e le parrocchie dei seminaristi, si riformarono la disciplina e le regole in armonia con le norme della moderna pedagogia. Venne favorito il contatto dei seminaristi  con il mondo esterno e i mezzi della comunicazione, mentre la formazione spirituale, seguendo le indicazioni conciliari,  trovava sempre più  il suo centro nella persona vivente di Gesù Cristo e il suo alimento nella Parola di Dio e nell’eucaristia.
Tutto questo trovò la sua espressione nei lineamenti di vita per i seminaristi, pubblicati dagli educatori del Seminario Minore, con l’approvazione del vescovo Girolamo Bortignon, nell’epifania del 1974. Successivamente vennero pubblicati il  progetto educativo per i seminaristi delle medie (8 settembre 1996), del biennio (26 maggio 1997) e del triennio(12 aprile 1998): i cammini per le tre fasce di età vennero messi in progressione educativa, curando la gradualità della proposta.
A partire dall’anno 1996, accogliendo l’invito del papa Giovanni Paolo II a valorizzare il carisma femminile nella educazione dei seminaristi (esortazione apostolica pastores dabo vobis, 25 marzo 1992, 66), fanno parte dell’èquipe formativa anche alcune educatrici che collaborano con gli assistenti preti, in particolare nell’età della preadolescenza. 
Il 15  settembre 2002 il Seminario Minore passò a Rubano, in quello che era stato il Seminario Minore dei domenicani.

4. L’opera formativa del Seminario Minore era strettamente collegata con quella del Seminario Maggiore che ne rappresentava la naturale continuazione. Incontri periodici tra educatori dei due seminari assicuravano la necessaria collaborazione. Soprattutto nel triennio delle superiori, il cammino formativo dei seminaristi teneva conto delle esigenze del Seminario Maggiore, in particolare per quanto riguardava la formazione spirituale e culturale.
Alla fine del cammino del Seminario Minore, il rettore presentava al Maggiore i candidati idonei a iniziare la formazione presbiterale.

5. In questo processo di rinnovamento è stata coinvolta anche la scuola del seminario.

Il Seminario gestiva una Scuola Secondaria di I Grado paritaria, frequentata dai seminaristi e anche da alunni/e esterni. Era una scuola di ispirazione cristiana che negli obiettivi generali e in quelli specifici di apprendimento si adeguava alle indicazioni nazionali. Gli insegnanti erano preti diocesani e, per la maggior parte, laici, uomini e donne, scelti dalla scuola stessa e che ne condividono l’ispirazione e il processo formativo. La scuola offriva 2 ore di religione settimanali obbligatorie e 2 laboratori pomeridiani facoltativi: un laboratorio di sport, guidato dall’insegnante di scienze motorie e un altro di musica nel quale gli alunni potevano imparare a suonare uno strumento musicale (pianoforte, chitarra, clarinetto, ecc…). L’iscrizione ai laboratori avveniva all’inizio dell’anno scolastico e la loro partecipazione diveniva poi obbligatoria per tutto l’anno.

La scuola curava, in particolare:

• l’unità e la collaborazione tra i docenti;
• il dialogo degli insegnanti con i ragazzi e le loro famiglie;
• l’accompagnamento dei singoli alunni per valorizzare le loro doti e aiutare quelli in difficoltà;
• l’acquisizione di un buon metodo di studio che metta in grado i ragazzi di fare i compiti da soli e di studiare in autonomia per un  tempo adeguato;
• l’approfondimento della grammatica italiana;
• l’orientamento,  per un progetto di vita personale e una scelta consapevole al termine della classe terza.

Le lezioni iniziavano alle ore 8.15 e terminavano alle ore 13.30 (al sabato alle 12.10).

Tra il 2017 e il 2018 il vescovo Claudio, in accordo con educatori, famiglie ed enti diocesani, per adeguarsi ai rapidi cambiamenti sociali del nostro tempo e per il suo elevato costo, decise la chiusura della Scuola Media Paritaria del Seminario Minore e sancì il termine dell’esperienza della Comunità Ragazzi in Seminario.

Per quanto riguarda i seminaristi più grandi, fino a qualche anno fa essi frequentavano il liceo classico Barbarigo della Diocesi di Padova. Poi, dopo ampio dibattito e con l’approvazione del vescovo, si decise di dare la possibilità di frequentare altre scuole a quei seminaristi che, a giudizio del consiglio di classe, fossero più portati per altri indirizzi.

A giugno 2022 si conclude ufficialmente anche l’esperienza del Seminario Minore di Padova per i ragazzi delle superiori. La decisione presa dalla diocesi infatti è stata quella di aprire una strada verso nuove forme di percorsi vocazionali per i più giovani.